定期航路
国際コンテナ定期航路
韓国
火曜日(長錦商船株式会社) 運航
| 寄港地 | 熊本（火）⇒薩摩川内（水）⇒八代（木）⇒伊万里（金）⇒釜山（土）⇒釜山新港（日）⇒志布志（月）⇒長崎（火）⇒熊本（火） |
|---|---|
| 船種 | フルコンテナ船 550TEU |
| 運航会社 | 長錦商船株式会社 |
| 就航年月 | ２０１６年８月 |
| 日本総代理店 | 株式会社シノコー成本 |
| 船舶代理店 | 松木運輸株式会社熊本港シッピングサービス |
火曜日(高麗海運株式会社) 運航
| 寄港地 | 熊本（水）⇒八代（水）⇒長崎（木）⇒釜山（土）⇒志布志（月）⇒薩摩川内（火）⇒熊本（水） |
|---|---|
| 船種 | フルコンテナ船 342TEU |
| 運航会社 | 高麗海運株式会社 |
| 就航年月 | １９９９年７月 |
| 日本総代理店 | 高麗海運ジャパン株式会社 |
| 船舶代理店 | 三角海運株式会社 |
国内航路及び船社
定期 運航
| 運航ルート | 熊本 ⇒神戸 ⇒熊本 |
|---|---|
| 運航船会社 | オリエント オーバーシーズ コンテナ ライン リミテッド |
| 内航船会社 | 井本商運株式会社 |
| 開設期日 | 令和５年４月１７日 |
| 船舶代理店 | 三角海運株式会社 |
旅客定期航路
毎日 運航
| 寄港地 | 熊本港～島原港（長崎県） |
|---|---|
| 船種 | カーフェリー |
| 便数 | １日６便（４月～１２月の土・日・祝は７便） |
| 運航会社 | 熊本フェリー株式会社 |
| 就航年月 | １９９８年４月社 |
毎日 運航
| 寄港地 | 熊本港～島原港（長崎県） |
|---|---|
| 船種 | カーフェリー |
| 便数 | 1日１０便 |
| 運航会社 | 九商フェリー株式会社 |
| 就航年月 | １９９３年３月 |
熊本港を利用する際のリードタイム（目安）
※熊本港から、北米、欧州、豪州等世界各国への輸出入が可能です。
［例：ロサンゼルス（19日～）、シドニー（28日～）、シアトル（34日～）、バンクーバー（36日～）、ロッテルダム（45日～）、ハンブルグ（47日～）］